L’origine dei più antichi stati brasiliani si colloca nel XVI secolo quando furono istituite le capitanías, territori costieri assegnati ai coloni e destinati, nelle intenzioni della corona portoghese, ad espandersi verso l’interno. Esse finirono per costituire distinte comunità fortemente autonome, ognuna con particolari interessi e con propria storia. Le capitanías sarebbero diventate province imperiali con l’indipendenza, e stati con la repubblica. Nel 1889 gli stati erano 20; solo dopo il 1960 il loro numero cominciò a crescere fino agli attuali 26 in conseguenza dell’elevazione dei territori dell’interno al rango di stato.

Quanto alle bandiere, alcune furono introdotte sin dall’origine, altre in tempi successivi. La costituzione brasiliana del 1937 mise al bando tutti i simboli locali, ma nel 1945 la decisione fu revocata e gradatamente i vari stati ripristinarono le loro bandiere o ne adottarono di nuove. I due territori di Iguaçu e di Ponta Porã, istituiti nel 1943 presso la frontiera con il Paraguay e aboliti nel 1946, non ebbero alcuna bandiera, proprio perché nel periodo della loro esistenza non erano consentiti simboli locali.